Тоқтар Оңғарбайұлы Әубәкіров 1946 жылы 27 шілдеде Қарағанды облысы, Қарқаралы ауданы, 1-ші Май ауылында дүниеге келді. Ол кез соғыс жаңа бітіп, батырлықты, ерлікті уағыздаған уақыт болатын. Әкесі Оңғарбай мен шешесі Қамия көзге көрініп, көз жұмған 9 ұлдан кейінгі перзентіне «енді осы жаманымыз аман болсыншы» деген ниетпен азан шақырып, Тоқтар есімін беріпті. Ата-анасы ерте дүние салды. Кішкентайынан ата-анасынан айырылғаннан ба, Тоқтар бұйығы, оқшау өсті. Ол апасы Бикен мен жездесі Нығметтің тәрбиесінде болды.

1962-1965 жж. Теміртау құйма механикалық зауытында токарь болды. Есімі облыстық Құрмет кітабына алтын әріппен жазылды.

1965 жылы Қарағанды облыстық комсомол комитетінің жолдамасымен РСФСР-дың Краснодар өлкесіндегі Армавир қаласындағы ұшқыштар даярлайтын жоғары әскери училищеге жол тартқан. Бұдан кейінгі өсу, ержету кезінде зеңгір аспанда «МиГ»ұшағымен мінсіз ұшу, жаппай тұрмай жаттығу, тәжірибе жинақтау міндеті едәуір уақытын алған.

Ресей Федерациясындағы Армавир жоғары әскери ұшқыштар училищесін бітірген (1969 ж). 1969-1975 жж. Кеңес Одағы әскери-әуе күштерінің Қиыр шығыс әскери округінде ұшқыш, звено командирі, эскадрилия командирінің орынбасары.  1976 жылы А.И.Микоян атындағы авиаконструкторлар бюросына қызметке қабылданып, ғұмырының ең қиын сәттерін бастан кешірді. Бұл тұста Тоқтар үшін өмір мен өлім ылғи қатар беттесіп отырыпты.

Мәскеу ұшқыш сынақшылар мектебін (1976 ж.), Мәскеу авиация институтын бітірген (1979 ж.). Мәскеудегі А.И. Микоян атындағы Тәжірибелік-конcтрукторлық  бюроның ұшқыш-сынақшысы. Т. Әубәкіров 1988 жылы Кеңес Одағында тұңғыш рет әуеде қонбай ұшаққа 2 рет жанармай құйдыру арқылы Солтүстік полюске ұшу сапарын ерлікпен орындады. 1989 жылы бірінші болып авиатасушы крейсердің алаңқайшасына «МиГ-29к» реактивті ұшағын үлкен шеберлікпен дәл қондырды. Сондай-ақ, ол реактивті ұшақтың 50-ден аса жаңа түрін сынақтан өткізді. 1990 жылы ғарышкерлер құрамына алынды.

1991 жылы 2-ші сәуірде Кеңес Одағының Ғарышкерлер дайындау орталығында ғарышқа ұшу дайындығына кірісіп, сол жылы 2 қазанда Байқоңырдан «Союз ТМ-13» кемесімен ғарышқа ұшты. Ғарыш кемесі жер төңірегіндегі «Мир» орбиталық кешенімен түйісті. Онда ол өзге ғарышкерлермен бірге биотехнология, металлургия, медицина салалары және Арал теңізі аймағы бойынша ғылыми-зерттеу жұмыстарын жүргізді. Зерттеу нәтижесінде Арал үстіндегі тұзды шаң борамасының пайда болу процесі, сол зиянды аэрозольдардың Қазақстан мен Ресей аймақтарына таралуының ғарыштық суреттері алынды. Сондай-ақ Қазақстан аумағындағы атмосфераны және жер бетін зерттеу, жұлдызды аспанды астрофизикалық бақылау жұмыстары да ойдағыдай өтті. Әубәкіров 1991 жылдың 10 қазанында Жерге оралды.

Т.Әубәкіров Қазақстандағы ғарыштық зерттеулердің негізін қалауға, отандық Қарулы Күштердің әскери даярлығын жетілдіруге, әскери-патриоттық тәрбие жұмыстарын жолға қоюға белсене араласты.

Ол 1992-1993 жж. Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрінің 1-ші орынбасары. 1993-1994 жж. Қазақстан Республикасы Ұлттық Аэроғарыштық агенттігінің бас директоры, Ғылым және жаңа технолгия министрінің орынбасары, 1994-1995 жж. Қазақстан Республикасы Жоғарғы Кеңесінің депутаты – Қорғаныс және қауіпсіздіқ комитетінің төрағасы болды.

Тоқтар Әубәкіров 45 жасында ғарышкер атанды. Ал, Кеңес Одағының батыры деген жоғарғы атақты 1988 жылы алды. Онда оған бұл биік мәртебе, зор қуаныш дыбыстан да шапшаң ұшатын, мүлде жаңадан жасалған, әлі сынақтан жөнді өтпеген, тағдыры беймәлім «МиГ» ұшақтарын сынауды және оларды кеме палубасына қондырып, одан ұшып шығуды қамтамасыз еткені үшін беріліп еді. А.И.Микоян атындағы авиаконструкторлар бюросының бір құжатында бұрынғы Одақтың 26 сынақшы-ұшқышы болғандардың ішіне Қазақстаннан жалғыз Тоқтар Әубәкіров қана ілігіпті. Солардың 9-і сынақ кезінде апатқа ұшырап, қаза тапқан. Ал, қалғандары батыр атағына ие болған. Тоқтар солардың бірі болыпты.